「スカルガールズ」の魅力的なサウンドトラックは、伝説的な日本人ゲーム音楽作曲家であり、代表作の「キャッスルヴァニア：月下の夜想曲」で知られる山根ミチルが担当。日本人作曲家が西洋において開発されるゲームのサントラを担当するのはこれまでに前例がありませんでした。

彼女のトレードマークである、ジャズの影響を受けつつ不気味でゴシック的なメロディーは、「スカルガールズ」の「ダークデコ」世界の雰囲気にぴったり合ったサウンドトラックとなりました。